醫院的水源絕大部分均來自于市政自來水，因此原水的指標均應符合《生活飲用水衛生標準》。但是醫院很多專業科室均需要純化水設備對原水進行水質處理才能達到實際使用的要求，由于水質指標要求的差異性，從而決定了醫用凈水系統“集中制水、分質供水”的系統特性。醫用純化水按水質指標差異主要分如下幾種：
(一)血液透析用水

原水經凈水系統處理后濾除固形顆粒、細菌、病毒、內毒素、有害離子，供血透機用水和透析液配制用水，終端水質指標達到血液透析和相關治療用水標準萬方數據(YY0572-2005)。使用科室主要為：血透中心、ICU等。

(二)器械清洗消毒用水

原水經凈水系統處理后濾除固形顆粒、細菌、病毒、有害離子，終端水質指標達到《醫院消毒供應中心第 1部分：管理規范》(WS310.1-2009)和《醫院消毒供應中心第 2部分：清洗消毒及滅菌技術操作規范》( WS310.1-2009)的相關要求，由于這兩個規范對器械清洗用水的指標要求為建議性的框架要求，因此比對國外消毒供應中心的用水要求和主流大型自動清洗機的進水水質指標要求，建議采用歐盟 EN 285標準。使用科室主要為：中心供應室、手術部供應室、手術部洗消間、內鏡清洗室、DSA導管清洗間、口腔科等。

(三)消毒供應中心的用水

清洗用水的指標要求為建議性的框架要求，因此比對國外消毒供應中心的用水要求和主流大型自動清洗機的進水水質指標要求，建議采用歐盟 EN 285標準。使用科室主要為：中心供應室、手術部供應室、手術部洗消間、內鏡清洗室、DSA導管清洗間、口腔科等。

(四)中心供應室用水

原水經凈水系統處理后濾除固形顆粒、細菌、病毒、有害離子，終端水質指標達到《醫院消毒供應中心第 2部分：清洗消毒及滅菌技術操作規范》(WS310.1-2009)附錄D 表 D.1的指標要求。使用科室主要為：中心供應室。

(五)生化檢驗用水

原水經凈水系統處理后幾乎濾除全部雜質和離子，終端水質指標達到《中國國家實驗室分析用水標準》(GB/T6682-2008)中一級水指標和 2005版藥典純化水指標。使用科室主要為：生化檢驗科、病理科、藥物配置中心等。

(六)手術刷手用水

原水經凈水系統處理后濾除固形顆粒、細菌、病毒，終端水質指標、離子指標與原水基本一致，固形顆粒和細菌的濾除率>99%，因此又被稱為無菌沖洗水。以上 5種水基本上涵蓋了一個綜合性醫院的常用凈水種類，其他類型的特殊用水可以根據具體的要求在以上 5種水的基礎上對凈水工藝進行微調就可以實現。